有機肥車間臭氣處理設備常見的除臭工藝分為化學吸收法、物理吸附法、離子法、生物法和活性氧法。

化學吸收法：

化學吸收是指在吸收過程中發生化學反應，使有害氣體變成液態或使無害的氣體。現使用廣泛的工業設備是填料塔。填料塔是一種筒體內裝有空心球形等形狀的填料，吸收劑自塔頂向下噴淋于填料上，氣體沿填料間隙上升，通過氣液接觸使有害物質被吸收的凈化設備。

植物提取液噴淋除臭：

利用植物提取液中含有反應活性高，該表面能可吸附廢氣中的臭氣分子，并與臭氣分子發生分成、聚合、取代、置換、加成和氧化反應等作用，促使臭氣分子改變原有分子結構，使之脫臭。反應的產物為無害無臭的分子，如氮氣、水等。

有機肥車間臭氣處理設備生物過濾：

有機廢氣生物凈化是利用微生物以廢氣中的有機組分作為其生命活動的能源或其它養分，經降解，轉化為簡單的無機物(CO2，水等)及細胞組成物質。廢氣中的有機物質先要經歷由氣相轉移到液相(或固體表面液膜)中的傳質過程，然后在液相(或固體表面生物層)被微生物吸附降解。由于氣液相間有機物濃度梯度、有機物水溶性以及微生物的吸附作用，有機物從廢氣中轉移到液相(或固體表面液膜)中，進而被微生物捕獲、吸收。生物法治理包括:土壤法、生物濾床等。

生物除臭設備是通過微生物的生理代謝將惡臭物質加以轉化，達到除臭的目的。生物除臭法是把收集的臭氣先經過加濕處理，再通過長滿微生物的、濕潤多孔的生物濾層，利用微生物細胞對惡臭物質的吸附、吸收和降解功能以及微生物細胞個體小、表面積大、吸附性強和代謝類型多樣的特點，將惡臭物質吸附后分解成CO2和其他無機物。